Cách kê khai hóa đơn thay thế khác kỳ từ 1/7/2026 mới nhất
Chia sẻ:
Hướng dẫn cách kê khai hóa đơn thay thế theo quy định mới nhất năm 2026 tại Thông tư 89/2026/TT-BTC và Thông tư 91/2026/TT-BTC có hiệu lực từ ngày 01/07/2026
Cách kê khai hóa đơn thay thế theo Thông tư 89 và Thông tư 91/2026
Hướng dẫn cách kê khai hóa đơn thay thế theo quy định mới nhất năm 2026 tại Thông tư 89/2026/TT-BTC và Thông tư 91/2026/TT-BTC có hiệu lực từ ngày 01/07/2026
* Trước ngày 01/07/2026, việc kê khai hóa đơn thay thế sẽ được thực hiện theo quy định tại Khoản 13 Điều 1 Nghị định 70/2025/NĐ-CP như sau:
Đối với hóa đơn thay thế thì cả bên bán và bên mua đều thực hiện kê khai bổ sung hóa đơn thay thế vào kỳ phát sinh hóa đơn bị thay thế
* Từ ngày 01/07/2026 trở đi, Nghị định 70/2025/NĐ-CP đã hết hiệu lực, bị thay thế bởi Nghị định 254/2026/NĐ-CP
Nhưng trong Nghị định 254/2026/NĐ-CP không hướng dẫn cách kê khai thuế đối với hóa đơn thay thế
Đến ngày 30/06/2026, Bộ tài chính đã ban Thông tư 91/2026/TT-BTC để hướng dẫn Nghị định 254/2026/NĐ-CP về hóa đơn điện tử nhưng trong Thông tư 91/2026/TT-BTC cũng không hướng dẫn cách kê khai hóa đơn thay thế
Do đó, từ ngày 01/07/2026 trở đi, việc kê khai hóa đơn thay thế sẽ thực hiện theo quy định chung tại Điều 12 Nghị định số 252/2026/NĐ-CP, phụ lục II được ban hàng kèm theo Thông tư số 89/2026/TT-BTC và khoản 6 Điều 23 của Nghị định 181/2025/NĐ-CP
Tổng quan về việc kê khai hóa đơn thay thế từ ngày 01/07/2026 trở đi như sau:
Đối với bên bán
Đối với bên mua
Nếu phát sinh cùng kỳ (ngày lập hóa đơn thay thế và ngày lập hóa đơn bị thay thế đều trong cùng 1 kỳ)
+ Chỉ kê khai hóa đơn thay thế + Không kê khai hóa đơn bị thay thế
+ Chỉ kê khai hóa đơn thay thế + Không kê khai hóa đơn bị thay thế
Nếu phát sinh khác kỳ (Kỳ lập hóa đơn thay thế khác với kỳ ngày lập hóa đơn bị thay thế => Ngày lập của 2 hóa đơn này thuộc về 2 kỳ khác nhau)
Hóa đơn thay thế phải kê khai bổ sung về kỳ phát sinh hóa đơn bị thay thế (kỳ có hóa đơn sai sót)
Bên mua cần phải xác định xem hóa đơn thay thế đó ảnh hưởng đến tờ khai thuế của kỳ có sai sót đó như thế nào +/ Nếu việc kê khai bổ sung phần chênh lệch giữa hóa đơn thay thế và hóa đơn bị thay thế vào kỳ có hóa đơn sai sót mà làm tăng số thuế phải nộp hoặc giảm số thuế được hoàn thì bên mua phải làm và nộp tờ khai điều chỉnh bổ sung KHBS để kê khai bổ sung (Không được kê khai ngay vào kỳ nhận được hóa đơn thay thế) => rồi nộp cho CQT+/ Nếu việc kê khai bổ sung phần chênh lệch giữa hóa đơn thay thế và hóa đơn bị thay thế vào kỳ có hóa đơn sai sót mà làm giảm số thuế phải nộp hoặc chỉ làm tăng/giảm số thuế được khấu trừ chuyển kỳ sau thì bên mua kê khai luôn vào kỳ nhận được hóa đơn thay thế (Không phải làm tờ khai điều chỉnh bổ sung KHBS)
phần tiền thuế chênh lệchgiữa hóa đơn thay thế và hóa đơn bị thay thế vào kỳ phát sinh hóa đơn bị thay thế
phần tiền thuế chênh lệchgiữa hóa đơn thay thế và hóa đơn bị thay thế
Trong đó: hóa đơn bị thay thế là hóa đơn có sai sót
Chi tiết cách kê khai hóa đơn hóa đơn thay thế đối với bên bán, bên mua trong từng trường hợp như sau:
1. Cách kê khai hóa đơn thay thế đối với BÊN BÁN
1.1. Trường hợp: Hóa đơn thay thế phát sinh cùng kỳ với hóa đơn bị thay thế (hóa đơn thay thế được lập trong cùng 1 kỳ với hóa đơn có sai sót)
Đối với trường hợp này: bên bán chỉ kê khai hóa đơn thay thế mà không kê khai hóa đơn bị thay thế
Ví dụ: Công ty Kế Toán Ứng Dụng có kỳ kê khai thuế GTGT là theo quý
Ngày 30/07/2026, Công ty Kế Toán Ứng Dụng bán hàng cho công ty Phan Hoàng => Khi bàn giao hàng hóa cho công ty Phan Hoàng, Công ty Kế Toán Ứng Dụng đã xuất hóa đơn số 700
Đến ngày 15/08/2026, Công ty Phan Hoàng phát hiện ra hóa đơn số 700 ngày 30/07/2026 bị sai đơn giá
=> 2 bên đã thống nhất lựa chọn xử lý hóa đơn ghi sai đơn giá bằng cách lập hóa đơn thay thế theo quy định tại điều 10 của Thông tư 91/2026/TT-BTC
=> Bên bán (Công ty Kế Toán Ứng Dụng) đã xuất hóa đơn thay thế số 800 vào ngày 15/08/2026
Xác định:
Hóa đơn bị thay thế (là hóa đơn có sai sót -> Hóa đơn số 700 => Đây là hóa đơn gốc, hóa đơn này đã bị thay thế bởi hóa đơn thay thế số 800): được lập vào ngày 30/09/2026 => Hóa đơn bị thay thế phát sinh vào kỳ quý 3/2026
+ Hóa đơn thay thế: là hóa đơn số 800 được lập vào ngày 15/08/2026 => Hóa đơn thay thế số 800 này cũng phát sinh vào kỳ quý 3/2026
=> Hóa đơn thay thế số 800 và hóa đơn bị thay thế số 700 đang phát sinh (được lập) trong cùng 1 kỳ - đó là kỳ quý 3/2026
=> Vì hóa đơn thay thế số 800 và hóa đơn bị thay thế số 700 đang phát sinh trong cùng 1 kỳ (kỳ quý 3/2026) nên Bên bán (Công ty Kế Toán Ứng Dụng) sẽ kê khai thuế GTGT như sau: chỉ kê khai hóa đơn thay thế số 800 để kê khai (Trên hóa đơn thay thế này đang có đầy đủ thông tin đúng)
(Công ty Kế Toán Ứng Dụng không dùng hóa đơn bị thay thế số 700 để kê khai)
1.2. Trường hợp: Hóa đơn thay thế phát sinh khác kỳ với hóa đơn bị thay thế (hóa đơn thay thế được lập khác kỳ với hóa đơn có sai sót)
Đối với trường hợp này: Bên bán phải kê khai bổ sung hóa đơn thay thế về kỳ phát sinh hóa đơn bị thay thế (về kỳ gốc, kỳ có hóa đơn sai sót)
Ví dụ: Công ty Kế Toán Ứng Dụng thuộc đối tượng kê khai thuế GTGT theo quý
Ngày 25/09/2026, Công ty Kế Toán Ứng Dụng bán hàng cho công ty Mạnh Hải => Khi bàn giao hàng hóa cho công ty Mạnh Hải, Công ty Kế Toán Ứng Dụng đã xuất hóa đơn số 900 như sau:
Số lượng
Đơn giá
Thành Tiền
Thuế suất
Tiền Thuế
Tổng Thanh Toán
1
10.000.000
10.000.000
10%
1.000.000
11.000.000
Đến ngày 20/10/2026, công ty Kế Toán Ứng Dụng phát hiện ra hóa đơn số 900 bị sai thuế suất dẫn đến sai cả tiền thuế GTGT
=> 2 bên đã thống nhất lựa chọn xử lý hóa đơn ghi sai thuế suất và tiền thuế GTGT bằng cách lập hóa đơn thay thế theo quy định tại điều 10 của Thông tư 91/2026/TT-BTC
=> Bên bán (Công ty Kế Toán Ứng Dụng) đã xuất hóa đơn thay thế số 1000 vào ngày 20/10/2026 như sau
Số lượng
Đơn giá
Thành Tiền
Thuế suất
Tiền Thuế
Tổng Thanh Toán
1
10.000.000
10.000.000
8%
800.000
10.800.000
Xác định:
+ Hóa đơn gốc (hóa đơn có sai sót) số 900 => Đây là hóa đơn đã bị thay thế -> Hóa đơn bị thay thế này được lập vào ngày 25/09/2026 => Thuộc vào kỳ quý 3/2026 (Hóa đơn này phải kê khai thuế vào kỳ quý 3/2026)
+ Còn Hóa đơn thay thế số 1000 được lập vào ngày 20/10/2026 => Hóa đơn thay thế phát sinh vào kỳ quý 4/2026
=> Hóa đơn thay thế số 1000 phát sinh khác kỳ với hóa đơn bị thay thế số 900 (1 cái quý 3, 1 cái quý 4)
=> Vì Hóa đơn thay thế số 1000 và hóa đơn bị thay thế số 900 đang phát sinhkhác kỳ nên Bên bán (Công ty Kế Toán Ứng Dụng) sẽ phải kê khai bổ sung hóa đơn thay thế về kỳ gốc (kỳ có hóa đơn sai sót là kỳ quý 3/2026)
Cụ thể cách kê khai theo từng tình huống như sau:
+ Tình huống số 1: Tại thời điểm khi phát sinh hóa đơn thay thế (ngày 20/10/2026) mà bên bán (công ty Kế Toán Ứng Dụng) chưa nộp tờ khai thuế GTGT của kỳ quý 3/2026: thì công ty Kế Toán Ứng Dụng chỉ cần kê khai hóa đơn thay thế số 1000 vào kỳ quý 3/2026 là xong (trên hóa đơn thay thế số 1000 này đang có thông tin đúng => chỉ cần kê khai đúng số liệu trên hóa đơn này vào kỳ quý 3/2026 là đúng và đầy đủ nghĩa vụ thuế) mà không kê khai hóa đơn bị thay thế số 900 này vào quý 3/2026 nữa
Tình huống số 2: Tại thời điểm khi phát sinh hóa đơn thay thế (ngày 20/10/2026) mà bên bán (công ty Kế Toán Ứng Dụng) đã nộp tờ khai thuế GTGT của kỳ quý 3/2026 thì Công ty Kế Toán Ứng Dụng phải làm tờ khai điều chỉnh bổ sung KHBS để kê khai điều chỉnh phần chênh lệch giữa hóa đơn thay thế số 1000 và hóa đơn bị thay thế số 900 vào tờ khai thuế GTGT của kỳ quý 3/2026 => Rồi nộp cho CQT
Lưu ý: đối với trường hợp đã nộp tờ khai thuế GTGT của kỳ quý 3/2026 rồi => Tức là đã kê khai hóa đơn gốc số 900 vào tờ khai quý 3/2026 rồi => Nên đối với trường hợp này sẽ không kê khai toàn bộ giá trị của hóa đơn thế số 1000 vào kỳ quý 3 nữa mà chỉ kê khai "Phần chênh lệch giữa hóa đơn thay thế và hóa đơn bị thay thế" để điều chỉnh tờ khai thuế GTGT của kỳ quý 3/2026 về số liệu đúng
Phần tiền thuế chênh lệch giữa hóa đơn thay thế và hóa đơn bị thay thế = 800.000đ - 1.000.000đ = - 200.000đ => Cần điều chỉnh giảm 200.000đ tiền thuế GTGT
Kê khai bổ sung bằng cách: Vào phần mềm HTKK => Chọn tờ khai thuế GTGT => Chọn kỳ quý 3/2026 => Chọn trạng thái tờ khai là "Tờ khai bổ sung" => Nhấn đồng ý để vào tờ khai rồi thực hiện điều chỉnh trực tiếp trên các chỉ tiêu liên quan như sau:
Chỉ tiêu 33 điều chỉnh = Chỉ tiêu 32 của tờ khai quý 3/2026 lần đầu - 200.000
Vì chỉ sai sót tiền thuế GTGT thôi, nên chỉ cần điều chỉnh tại chỉ tiêu 33 trên tờ khai thuế GTGT mẫu 01/GTGT thôi, các chỉ tiêu khác không sai nên không cần phải điều chỉnh
=> Điều chỉnh xong thì cần Tổng hợp KHBS rồi xem kết quả tại phụ lục tờ khai bổ sung 01/KHBS
2. Cách kê khai hóa đơn thay thế đối với BÊN MUA
2.1. Trường hợp: Hóa đơn thay thế phát sinh cùng kỳ với hóa đơn bị thay thế (hóa đơn thay thế được lập trong cùng 1 kỳ với hóa đơn có sai sót)
Đối với trường hợp này: bên mua chỉ kê khai hóa đơn thay thế mà không kê khai hóa đơn bị thay thế
Ví dụ: Công ty Kế Toán Ứng Dụng có kỳ kê khai thuế GTGT là theo quý
Ngày 20/08/2026, Công ty Kế Toán Ứng Dụng mua hàng đã nhận hóa đơn số 1000
Đến ngày 05/09/2026, Công ty Kế Toán Ứng Dụng phát hiện ra hóa đơn đầu vào số 1000 ngày 20/08/2026 bị sai thuế suất
=> 2 bên đã thống nhất lựa chọn xử lý hóa đơn ghi sai thuế suất bằng cách lập hóa đơn thay thế theo quy định tại điều 10 của Thông tư 91/2026/TT-BTC
=> Bên bán đã xuất hóa đơn thay thế số 1200 vào ngày 05/09/2026
Xác định:
Hóa đơn đầu vào số 1000 (đây là hóa đơn có sai sót đã bị thay thế bởi hóa đơn số 1200) được lập vào ngày 20/08/2026 => Hóa đơn bị thay thế này phát sinh vào kỳ quý 3/2026
+ Hóa đơn thay thế số 1200 được lập vào ngày 05/09/2026 => Hóa đơn thay thế này cũng phát sinh vào kỳ quý 3/2026
=> Hóa đơn thay thế số 1200 và hóa đơn bị thay thế số 1000 đều phát sinh (được lập) trong cùng 1 kỳ - đó là kỳ quý 3/2026
=> Vì hóa đơn thay thế số 1200 và hóa đơn bị thay thế số 1000 đều phát sinh trong cùng 1 kỳ (kỳ quý 3/2026) nên Bên mua (Công ty Kế Toán Ứng Dụng) sẽ dùng hóa đơn đầu vào là hóa đơn thay thế số 12000 để kê khai thuế GTGT (Trên hóa đơn thay thế này đang có đầy đủ thông tin đúng)
(Công ty Kế Toán Ứng Dụng không dùng hóa đơn bị thay thế số 1000 để kê khai)
2.2. Trường hợp: Hóa đơn thay thế phát sinh khác kỳ với hóa đơn bị thay thế (hóa đơn thay thế được lập khác kỳ với hóa đơn có sai sót)
Ví dụ: Công ty Kế Toán Ứng Dụng thuộc đối tượng kê khai thuế GTGT theo quý
Ngày 20/09/2026, Công ty Kế Toán Ứng Dụng đi mua hàng hóa dịch vụ và đã xuất hóa đơn số 2000 như sau:
Số lượng
Đơn giá
Thành Tiền
Thuế suất
Tiền Thuế
Tổng Thanh Toán
10
10.000.000
100.000.000
10%
10.000.000
110.000.000
Đến ngày 15/10/2026, công ty Kế Toán Ứng Dụng phát hiện ra hóa đơn đầu vào số 2000 bị sai đơn giá dẫn đến sai cả tiền thuế GTGT và thanh toán
=> 2 bên đã thống nhất lựa chọn xử lý hóa đơn ghi sai đơn giá, tiền thuế và tổng thanh toán bằng cách lập hóa đơn thay thế theo quy định tại điều 10 của Thông tư 91/2026/TT-BTC
=> Bên bán đã xuất hóa đơn thay thế số 2030 vào ngày 15/10/2026 như sau
Số lượng
Đơn giá
Thành Tiền
Thuế suất
Tiền Thuế
Tổng Thanh Toán
10
11.000.000
110.000.000
10%
11.000.000
121.000.000
Xác định:
Hóa đơn bị thay thế số 2000 được lập vào ngày 20/09/2026 => Thuộc vào kỳ quý 3/2026
Còn Hóa đơn thay thế số 2030 được lập vào ngày 15/10/2026 => Hóa đơn thay thế được lập vào kỳ quý 4/2026
=> Vì Hóa đơn thay thế số 2030 và hóa đơn bị thay thế số 2000 đang phát sinh khác kỳ nên Bên mua (Công ty Kế Toán Ứng Dụng) sẽ kê khai hóa đơn thay số 2030 theo các tính huống như sau:
+ Tình huống số1: Tại thời điểm khi phát sinh hóa đơn thay thế (ngày 15/10/2026) mà bên mua (công ty Kế Toán Ứng Dụng) chưa nộp tờ khai thuế GTGT của kỳ quý 3/2026: thì công ty Kế Toán Ứng Dụng chỉ cần kê khai hóa đơn thay thế số 2030 vào kỳ quý 3/2026 là xong (trên hóa đơn thay thế số 2030 này đang có thông tin đúng => chỉ cần kê khai đúng số liệu trên hóa đơn này vào kỳ quý 3/2026 là đúng số liệu) mà không kê khai hóa đơn bị thay thế số 2000 này vào quý 3/2026 nữa
+ Tình huống số 2: Tại thời điểm khi phát sinh hóa đơn thay thế (ngày 15/10/2026) mà bên mua (công ty Kế Toán Ứng Dụng) đã nộp tờ khai thuế GTGT của kỳ quý 3/2026 thì Công ty Kế Toán Ứng Dụng cần phải xác định xem hóa đơn thay thế đó ảnh hưởng đến tờ khai thuế của kỳ có sai sót (kỳ quý 3/2026) đó như thế nào
Bên mua xác định sự ảnh hưởng bằng cách kê khai nháp phần chênh lệch giữa hóa đơn thay thế số 2030 và hóa đơn bị thay thế số 2000 vào tờ khai thuế GTGT của kỳ quý 3/2026 để biết kết quả
+/ Trường hợp 1: Nếu việc kê khai bổ sung phần tiền thuế chênh lệch giữa hóa đơn thay thế số 2030 và hóa đơn bị thay thế số 2000 vào tờ khai thuế GTGT của kỳ quý 3/2026 mà làm tăng số thuế phải nộp hoặc giảm số thuế được hoàn thì bên mua phải làm tờ khai điều chỉnh bổ sung KHBS để kê khai bổ sung phần chênh lệch giữa hóa đơn thay thế số 2030 và hóa đơn bị thay thế số 2000vào kỳ quý 3/2026 => rồi nộp cho CQT => để nộp nốt số thuế tăng thêm đó về ngân sách nhà nước hoặc bị thu hồi số tiền thuế đã hoàn
+/ Trường hợp 2: Nếu việc kê khai phần tiền thuế chênh lệch giữa hóa đơn thay thế số 2030 và hóa đơn bị thay thế số 2000 vào tờ khai thuế GTGT của kỳ quý 3/2026 mà làm giảm số thuế phải nộp hoặc chỉ làm tăng/giảm số thuế được khấu trừ chuyển kỳ sau thì bên mua sẽ kê khai luôn phần tiền thuế chênh lệchgiữa hóa đơn thay thế và hóa đơn bị thay thế vào kỳ phát sinh hóa đơn thay thế là kỳ quý 4/2026 (Không phải làm tờ khai điều chỉnh bổ sung KHBS)
(Đối với trường hợp 2 này thì phần tiền chênh lệch giữa hóa đơn thay thế số 2030 và hóa đơn bị thay thế số 2000 sẽ cho vào chỉ tiêu 37 hoặc 38 của kỳ quý 4/2026)
Cụ thể tình hình kê khai thuế GTGT của kỳ quý 3/2026 của công ty Kế Toán Ứng Dụng như sau:
B
Thuế giá trị gia tăng còn được khấu trừ kỳ trước chuyển sang
[22]
0
I
Hàng hoá, dịch vụ mua vào trong kỳ
1
Giá trị và thuế giá trị gia tăng của hàng hóa, dịch vụ mua vào
[23]
200.000.000
[24]
20.000.000
2
Thuế giá trị gia tăng của hàng hóa, dịch vụ mua vào được khấu trừ kỳ này
[25]
20.000.000
II
Hàng hoá, dịch vụ bán ra trong kỳ
c
Hàng hoá, dịch vụ bán ra chịu thuế suất 10%
[32]
130.000.000
[33]
13.000.000
IV
Điều chỉnh tăng, giảm thuế giá trị gia tăng còn được khấu trừ của các kỳ trước
1
Điều chỉnh giảm
[37]
2
Điều chỉnh tăng
[38]
VI
Xác định nghĩa vụ thuế giá trị gia tăng phải nộp trong kỳ:
3
Thuế giá trị gia tăng còn phải nộp trong kỳ
[40]
0
4.2
Thuế giá trị gia tăng còn được khấu trừ chuyển kỳ sau
[43]
7.000.000
Công ty Kế Toán Ứng Dụng đã nộp tờ khai quý 3/2026 qua mang ngày 05/10/2026
Phần tiền thuế chênh lệch giữa hóa đơn thay thế số 2030 và hóa đơn bị thay thế số 2000 = 11.000.000 - 10.000.000 = 1.000.000đ
Nếu kê khai phần tiền thuế chênh lệch giữa hóa đơn thay thế số 2030 và hóa đơn bị thay thế số 2000 là 1 triệu này vào tờ khai thuế GTGT của kỳ quý 3/2026 thì sẽ có kết quả như sau:
B
Thuế giá trị gia tăng còn được khấu trừ kỳ trước chuyển sang
[22]
0
I
Hàng hoá, dịch vụ mua vào trong kỳ
1
Giá trị và thuế giá trị gia tăng của hàng hóa, dịch vụ mua vào
[23]
200.000.000
[24]
20.000.000
2
Thuế giá trị gia tăng của hàng hóa, dịch vụ mua vào được khấu trừ kỳ này
[25]
20.000.000
II
Hàng hoá, dịch vụ bán ra trong kỳ
c
Hàng hoá, dịch vụ bán ra chịu thuế suất 10%
[32]
130.000.000
[33]
13.000.000
IV
Điều chỉnh tăng, giảm thuế giá trị gia tăng còn được khấu trừ của các kỳ trước
1
Điều chỉnh giảm
[37]
2
Điều chỉnh tăng
[38]
1.000.000
VI
Xác định nghĩa vụ thuế giá trị gia tăng phải nộp trong kỳ:
3
Thuế giá trị gia tăng còn phải nộp trong kỳ
[40]
0
4.2
Thuế giá trị gia tăng còn được khấu trừ chuyển kỳ sau
[43]
8.000.000
Vậy là: Khi bên mua (công ty Kế Toán Ứng Dụng) kê khai phần tiền thuế chênh lệch giữa hóa đơn thay thế số 2030 và hóa đơn bị thay thế số 2000 vào tờ khai thuế GTGT của kỳ quý 3/2026 thì sẽ làm cho TĂNG số tiền thuế GTGT còn được khấu trừ (Chỉ tiêu 43 đã tăng từ 7 triệu lên thành 8 triệu)
=> Công ty Kế Toán Ứng Dụng không phải làm tờ khai điều chỉnh bổ sung KHBS cho kỳ quý 3/2026
mà Công ty Kế Toán Ứng Dụng sẽ kê khai luôn Phần tiền thuế chênh lệch giữa hóa đơn thay thế số 2030 và hóa đơn bị thay thế số 2000 là 1.000.000đ vào chỉ tiêu 38 - Điều chỉnh tăng trên tờ khai thuế GTGT mẫu 01/GTGT của kỳ quý 4/2026
