Hướng dẫn kê khai thuế GTGT theo Thông tư 89 2026 mới nhất

b.2.3) Trường hợp người nộp thuế tự phát hiện không đủ điều kiện khai thuế theo quý hoặc cơ quan thuế phát hiện người nộp thuế không đủ điều kiện khai thuế theo quý thì người nộp thuế thực hiện khai thuế theo tháng kể từ tháng đầu của quý tiếp theo, nộp lại hồ sơ khai thuế giá trị gia tăng theo tháng của các quý trước đó và xác định, nộp tiền chậm nộp theo quy định (trừ trường hợp hồ sơ khai thuế theo quý cơ quan thuế đã ban hành quyết định hoàn thuế hoặc do cơ quan thuế phát hiện qua kiểm tra tại trụ sở người nộp thuế). Người nộp thuế không bị xử phạt vi phạm hành chính về chậm nộp hồ sơ khai thuế đối với hồ sơ khai thuế của các kỳ tính thuế phải nộp lại do thay đổi kỳ tính thuế. Hồ sơ khai thuế các tháng đã nộp lại được xác định là hồ sơ thay thế cho hồ sơ khai thuế theo quý đã nộp.

c) Khai thuế giá trị gia tăng theo từng lần phát sinh đối với:

c.1) Thuế giá trị gia tăng của người nộp thuế thuộc trường hợp không phải nộp hồ sơ khai thuế theo quy định tại Điều 11 Nghị định số 252/2026/NĐ-CP hoặc người nộp thuế thực hiện khai thuế giá trị gia tăng theo phương pháp trực tiếp theo quy định của pháp luật về thuế giá trị gia tăng nhưng có phát sinh nghĩa vụ thuế giá trị gia tăng đối với hoạt động chuyển nhượng bất động sản;

c.2) Thuế giá trị gia tăng không phát sinh thường xuyên của người nộp thuế áp dụng theo phương pháp trực tiếp theo quy định của pháp luật về thuế giá trị gia tăng, trường hợp người nộp thuế trong tháng phát sinh nhiều lần thì được khai theo tháng;

c.3) Thuế giá trị gia tăng của người nộp thuế thuộc các trường hợp đề nghị cơ quan thuế cấp hóa đơn điện tử theo từng lần phát sinh theo quy định của pháp luật về hóa đơn điện tử;

c.4) Thuế giá trị gia tăng của người nộp thuế thực hiện khai thuế giá trị gia tăng theo phương pháp khấu trừ thuế nhưng có hoạt động xây dựng theo quy định của pháp luật về hệ thống ngành kinh tế quốc dân hoặc quy định của pháp luật về xây dựng, có giá trị công trình xây dựng bao gồm cả thuế giá trị gia tăng từ 01 tỷ đồng trở lên (trừ hoạt động xây dựng trong khu phi thuế quan, tư vấn, khảo sát, thiết kế, kế toán, bảo hiểm), hoạt động chuyển nhượng bất động sản tại địa bàn tỉnh khác với nơi người nộp thuế đóng trụ sở chính, trường hợp người nộp thuế trong tháng phát sinh nhiều lần thì được khai theo tháng;

Quy định tại Điểm c4 ày thực hiện đến hết ngày 31/12/2026 theo Khoản 2 Điều 100 Thông tư 89/2026/TT-BTC.

c.5) Thuế giá trị gia tăng của tổ chức khấu trừ, nộp thay số thuế đã khấu trừ và tổ chức khai thuế thay, nộp thay thuế theo quy định tại điểm c khoản 1 và các điểm c.1, d và điểm k khoản 2 Điều 22 Nghị định số 252/2026/NĐ-CP, trường hợp người nộp thuế trong tháng phát sinh nhiều lần thì được khai theo tháng.

2. Cơ quan thuế tiếp nhận, xử lý hồ sơ khai thuế

a) Người nộp thuế nộp hồ sơ khai thuế giá trị gia tăng cho cơ quan thuế quản lý trực tiếp; người nộp thuế thuộc trường hợp phân bổ theo quy định tại điểm a khoản 2 Điều 15 Nghị định số 252/2026/NĐ-CP thì thực hiện khai thuế giá trị gia tăng tập trung tại cơ quan thuế quản lý trực tiếp hoặc khai thuế giá trị gia tăng của hoạt động kinh doanh, đơn vị phụ thuộc, địa điểm kinh doanh tại cơ quan thuế quản lý khoản thu nơi phát sinh hoạt động kinh doanh và phân bổ nghĩa vụ thuế phải nộp cho từng địa bàn nơi được hưởng nguồn thu ngân sách nhà nước theo quy định tại khoản 3 Điều này, trừ trường hợp quy định tại điểm b khoản này;

b) Người nộp thuế có hoạt động kinh doanh, đơn vị phụ thuộc, địa điểm kinh doanh tại địa bàn tỉnh khác nơi đóng trụ sở chính thực hiện khai riêng thuế giá trị gia tăng của hoạt động kinh doanh, đơn vị phụ thuộc, địa điểm kinh doanh tại cơ quan thuế quản lý khoản thu nơi phát sinh hoạt động kinh doanh như sau:

b.1) Khai thuế giá trị gia tăng đối với hoạt động chuyển nhượng bất động sản của dự án đầu tư cơ sở hạ tầng, nhà để chuyển nhượng (bao gồm cả trường hợp có thu tiền ứng trước của khách hàng theo tiến độ) tại cơ quan thuế nơi có hoạt động chuyển nhượng bất động sản;

b.2) Khai thuế giá trị gia tăng đối với hoạt động của nhà máy sản xuất điện tại cơ quan thuế nơi có nhà máy sản xuất điện;

b.3) Đơn vị phụ thuộc có tài khoản ngân hàng, trực tiếp bán hàng hóa, cung cấp dịch vụ, sử dụng hóa đơn của đơn vị phụ thuộc đăng ký với cơ quan thuế quản lý đơn vị phụ thuộc, theo dõi hạch toán đầy đủ thuế giá trị gia tăng đầu ra, đầu vào;

b.4) Người nộp thuế có dự án đầu tư thuộc trường hợp hoàn thuế giá trị gia tăng theo quy định pháp luật về thuế giá trị gia tăng và có nhu cầu hoàn thuế giá trị gia tăng đối với dự án đầu tư thì khai thuế giá trị gia tăng đối với dự án đầu tư tại cơ quan thuế quản lý trực tiếp. Trường hợp người nộp thuế do Chi cục Thuế doanh nghiệp lớn, Chi cục Thuế thương mại điện tử quản lý có dự án đầu tư thì nộp hồ sơ khai thuế đối với dự án đầu tư cho Thuế tỉnh nơi có dự án đầu tư.

Trường hợp người nộp thuế có dự án đầu tư tại địa bàn tỉnh khác với nơi người nộp thuế đóng trụ sở chính, có thành lập hoặc giao Ban quản lý dự án, chi nhánh, tổ chức kinh tế mới trực tiếp thực hiện, quản lý dự án đầu tư thì Ban quản lý dự án, chi nhánh, tổ chức kinh tế mới nộp hồ sơ khai thuế giá trị gia tăng của dự án đầu tư cho cơ quan thuế nơi có dự án đầu tư. Trường hợp không thành lập hoặc không giao Ban quản lý dự án, chi nhánh, tổ chức kinh tế mới trực tiếp thực hiện, quản lý dự án đầu tư thì người nộp thuế nộp hồ sơ khai thuế giá trị gia tăng của dự án đầu tư cho cơ quan thuế nơi có dự án đầu tư.

Trường hợp dự án đầu tư thực hiện trên nhiều địa bàn tỉnh có thành lập hoặc giao Ban quản lý dự án, chi nhánh, tổ chức kinh tế mới trực tiếp thực hiện, quản lý dự án đầu tư thì Ban quản lý dự án, chi nhánh, tổ chức kinh tế mới nộp hồ sơ khai thuế giá trị gia tăng của dự án đầu tư cho cơ quan thuế quản lý trực tiếp Ban quản lý dự án, chi nhánh, tổ chức kinh tế mới. Trường hợp không thành lập hoặc không giao Ban quản lý dự án, chi nhánh, tổ chức kinh tế mới trực tiếp thực hiện, quản lý dự án đầu tư thì người nộp thuế nộp hồ sơ khai thuế giá trị gia tăng của dự án đầu tư cho cơ quan thuế quản lý trực tiếp.

Đối với dự án tìm kiếm, thăm dò, phát triển mỏ dầu khí ở ngoài khơi nước Cộng hòa xã hội chủ nghĩa Việt Nam theo Hợp đồng dầu khí, người điều hành của hợp đồng dầu khí nộp hồ sơ khai thuế giá trị gia tăng của dự án tìm kiếm, thăm dò, phát triển mỏ dầu khí cho cơ quan thuế quản lý trực tiếp.

c) Trường hợp người nộp thuế có đơn vị phụ thuộc, địa điểm kinh doanh đóng trụ sở ở địa bàn tỉnh cùng với nơi người nộp thuế có trụ sở chính thì người nộp thuế thực hiện khai thuế giá trị gia tăng chung cho cả đơn vị phụ thuộc, địa điểm kinh doanh tại cơ quan thuế quản lý trực tiếp; trường hợp đơn vị phụ thuộc có con dấu, có tài khoản ngân hàng, trực tiếp bán hàng hóa, cung cấp dịch vụ, sử dụng hóa đơn của đơn vị phụ thuộc đăng ký với cơ quan thuế quản lý đơn vị phụ thuộc, theo dõi hạch toán đầy đủ thuế giá trị gia tăng đầu ra, đầu vào và có nhu cầu kê khai nộp thuế riêng thì đơn vị phụ thuộc khai thuế, nộp thuế giá trị gia tăng tại cơ quan thuế quản lý trực tiếp đơn vị phụ thuộc;

d) Cơ quan thuế tiếp nhận, xử lý hồ sơ khai thuế giá trị gia tăng của tổ chức khấu trừ, nộp thay số thuế đã khấu trừ và tổ chức khai thuế thay, nộp thay thuế theo quy định tại điểm c khoản 1 và các điểm c.1, d và điểm k khoản 2 Điều 22 Nghị định số 252/2026/NĐ-CP:

d.1) Đối với tài sản bảo đảm là bất động sản: cơ quan thuế tiếp nhận, xử lý hồ sơ khai thuế là cơ quan thuế nơi có bất động sản chuyển nhượng;

d.2) Đối với tài sản bảo đảm là tài sản khác: cơ quan thuế tiếp nhận, xử lý hồ sơ khai thuế là cơ quan thuế quản lý trực tiếp cơ quan, tổ chức bán tài sản bảo đảm.

3. Phương pháp phân bổ, khai thuế, nộp thuế giá trị gia tăng đối với các trường hợp phân bổ nghĩa vụ thuế theo quy định tại điểm a khoản 2 Điều 15 Nghị định số 252/2026/NĐ-CP:

a) Phân bổ thuế đối với hoạt động kinh doanh xổ số điện toán theo quy định tại điểm a.1 khoản 2 Điều 15 Nghị định số 252/2026/NĐ-CP:

a.1) Số thuế giá trị gia tăng phải nộp cho từng tỉnh nơi có hoạt động kinh doanh xổ số điện toán bằng (=) số thuế giá trị gia tăng phải nộp của hoạt động kinh doanh xổ số điện toán nhân (x) với tỷ lệ (%) doanh thu bán vé thực tế từ hoạt động kinh doanh xổ số điện toán tại từng tỉnh trên tổng doanh thu bán vé thực tế của người nộp thuế.

Doanh thu bán vé thực tế từ hoạt động kinh doanh xổ số điện toán được xác định như sau:

Trường hợp phương thức phân phối vé xổ số điện toán thông qua thiết bị đầu cuối: doanh thu từ hoạt động kinh doanh xổ số điện toán phát sinh từ các thiết bị đầu cuối đăng ký bán vé xổ số điện toán trên địa bàn từng tỉnh theo hợp đồng đại lý xổ số đã ký với công ty xổ số điện toán hoặc các cửa hàng, điểm bán vé do người nộp thuế thiết lập trên địa bàn.

Trường hợp phương thức phân phối vé xổ số điện toán thông qua điện thoại và Internet: doanh thu được xác định tại từng tỉnh nơi khách hàng đăng ký tham gia dự thưởng khi mở tài khoản dự thưởng theo quy định của pháp luật về kinh doanh xổ số điện toán;

a.2) Người nộp thuế thực hiện khai thuế giá trị gia tăng tập trung cho hoạt động kinh doanh xổ số điện toán trên toàn quốc và nộp hồ sơ khai thuế theo mẫu số 01/GTGT, Phụ lục bảng phân bổ số thuế giá trị gia tăng phải nộp cho các địa bàn tỉnh nơi được hưởng nguồn thu đối với hoạt động kinh doanh xổ số điện toán theo mẫu số 01-3/GTGT Phụ lục I ban hành kèm theo Thông tư này cho cơ quan thuế quản lý trực tiếp.

b) Phân bổ thuế đối với hoạt động xây dựng theo quy định tại điểm a.2 khoản 2 Điều 15 Nghị định số 252/2026/NĐ-CP:

b.1) Số thuế giá trị gia tăng phải nộp cho từng địa bàn tỉnh của hoạt động xây dựng bằng (=) doanh thu chưa có thuế giá trị gia tăng đối với hoạt động xây dựng tại từng tỉnh nhân (x) với 1%.

Doanh thu chưa có thuế giá trị gia tăng được xác định theo hợp đồng đối với các công trình, hạng mục công trình xây dựng. Trường hợp công trình, hạng mục công trình xây dựng liên quan tới nhiều tỉnh mà không xác định được doanh thu của công trình tại từng tỉnh thì sau khi xác định tỷ lệ 1% trên doanh thu của công trình, hạng mục công trình xây dựng, người nộp thuế căn cứ vào tỷ lệ (%) giá trị đầu tư của công trình tại từng tỉnh trên tổng giá trị đầu tư để xác định số thuế giá trị gia tăng phải nộp cho từng tỉnh;

b.2) Người nộp thuế là nhà thầu xây dựng, ký hợp đồng trực tiếp với chủ đầu tư để thi công công trình xây dựng theo quy định của pháp luật về xây dựng tại địa bàn tỉnh khác với nơi người nộp thuế đóng trụ sở chính, bao gồm cả công trình, hạng mục công trình xây dựng liên quan tới nhiều địa bàn tỉnh, thì người nộp thuế thực hiện khai thuế giá trị gia tăng của các công trình, hạng mục công trình xây dựng đó với cơ quan thuế từng tỉnh nơi có công trình xây dựng theo mẫu số 05/GTGT Phụ lục I ban hành kèm theo Thông tư này; nộp tiền thuế đã kê khai vào ngân sách nhà nước tại địa bàn tỉnh nơi có công trình xây dựng. Trường hợp Kho bạc Nhà nước đã thực hiện khấu trừ theo quy định tại khoản 4 Điều này thì người nộp thuế không phải nộp số tiền thuế Kho bạc Nhà nước đã khấu trừ;

b.3) Người nộp thuế tổng hợp doanh thu chưa có thuế giá trị gia tăng đối với hoạt động xây dựng vào hồ sơ khai thuế tại trụ sở chính để xác định số thuế phải nộp cho toàn bộ hoạt động sản xuất kinh doanh tại trụ sở chính. Số thuế giá trị gia tăng đã nộp tại địa bàn tỉnh nơi có công trình xây dựng được cơ quan thuế tự động luân chuyển trong hệ thống để bù trừ với số thuế giá trị gia tăng phải nộp tại trụ sở chính;

Quy định tại Điểm b này thực hiện đến hết ngày 31/12/2026 theo Khoản 2 Điều 100 Thông tư 89/2026/TT-BTC.

c) Phân bổ thuế đối với hoạt động chuyển nhượng bất động sản quy định tại điểm a.3 khoản 2 Điều 15 Nghị định số 252/2026/NĐ-CP:

c.1) Số thuế giá trị gia tăng phải nộp cho từng địa bàn tỉnh của hoạt động chuyển nhượng bất động sản bằng (=) doanh thu chưa có thuế giá trị gia tăng đối với hoạt động chuyển nhượng bất động sản tại từng địa bàn tỉnh nhân (x) với 1%;

c.2) Người nộp thuế thực hiện khai thuế giá trị gia tăng và nộp hồ sơ khai thuế giá trị gia tăng với cơ quan thuế tại địa bàn tỉnh, nơi có bất động sản chuyển nhượng theo mẫu số 05/GTGT Phụ lục I ban hành kèm theo Thông tư này; nộp tiền thuế đã kê khai vào ngân sách nhà nước tại tỉnh nơi có bất động sản chuyển nhượng;

c.3) Người nộp thuế phải tổng hợp doanh thu chưa có thuế giá trị gia tăng đối với hoạt động chuyển nhượng bất động sản vào hồ sơ khai thuế tại trụ sở chính để xác định số thuế phải nộp cho toàn bộ hoạt động sản xuất kinh doanh tại trụ sở chính. Số thuế giá trị gia tăng đã nộp tại địa bàn tỉnh, nơi có bất động sản chuyển nhượng được cơ quan thuế tự động luân chuyển trong hệ thống để bù trừ với số thuế giá trị gia tăng phải nộp tại trụ sở chính.

Quy định tại Điểm c này thực hiện đến hết ngày 31/12/2026 theo Khoản 2 Điều 100 Thông tư 89/2026/TT-BTC.

d) Trường hợp phân bổ thuế đối với đơn vị phụ thuộc, địa điểm kinh doanh là cơ sở sản xuất (bao gồm cả cơ sở gia công, lắp ráp) và cơ sở sản xuất điện mặt trời mái nhà theo quy định tại điểm a.4 khoản 2 Điều 15 Nghị định số 252/2026/NĐ-CP:

d.1) Số thuế giá trị gia tăng phải nộp cho tỉnh nơi có cơ sở sản xuất bằng (=) doanh thu theo giá chưa có thuế giá trị gia tăng nhân (x) với 2% (đối với hàng hóa chịu thuế suất thuế giá trị gia tăng 10%) hoặc 1% (đối với hàng hóa chịu thuế suất thuế giá trị gia tăng 5%) với điều kiện tổng số thuế giá trị gia tăng phải nộp cho các tỉnh nơi có cơ sở sản xuất không được vượt quá số thuế giá trị gia tăng phải nộp của người nộp thuế tại trụ sở chính. Trường hợp cơ sở sản xuất điều chuyển thành phẩm hoặc bán thành phẩm cho đơn vị khác trong nội bộ để bán ra thì doanh thu của sản phẩm sản xuất ra được xác định trên cơ sở giá thành sản xuất sản phẩm;

d.2) Trường hợp người nộp thuế tính để khai, nộp theo tỷ lệ % quy định tại điểm d.1 khoản này mà tổng số thuế giá trị gia tăng phải nộp cho các tỉnh nơi có cơ sở sản xuất lớn hơn tổng số thuế giá trị gia tăng phải nộp của người nộp thuế tại trụ sở chính thì người nộp thuế phân bổ số thuế phải nộp cho các tỉnh nơi có cơ sở sản xuất theo công thức sau: Số thuế giá trị gia tăng phải nộp cho từng tỉnh nơi có cơ sở sản xuất bằng (=) số thuế giá trị gia tăng phải nộp của người nộp thuế tại trụ sở chính nhân (x) với tỷ lệ (%) doanh thu theo giá chưa có thuế giá trị gia tăng của sản phẩm sản xuất ra tại từng tỉnh trên tổng doanh thu theo giá chưa có thuế giá trị gia tăng của sản phẩm sản xuất ra của người nộp thuế;

d.3) Doanh thu dùng để xác định tỷ lệ phân bổ theo quy định tại điểm d.1 và điểm d.2 khoản này là doanh thu thực tế phát sinh của kỳ tính thuế. Trường hợp khai bổ sung hồ sơ khai thuế làm thay đổi doanh thu thực tế phát sinh thì người nộp thuế phải xác định và phân bổ lại số thuế phải nộp của từng kỳ tính thuế có sai, sót đã kê khai bổ sung để xác định số thuế giá trị gia tăng chênh lệch chưa phân bổ hoặc phân bổ thừa cho từng tỉnh;

d.4) Người nộp thuế thực hiện khai thuế giá trị gia tăng tập trung cho hoạt động sản xuất, kinh doanh của đơn vị phụ thuộc, địa điểm kinh doanh là cơ sở sản xuất và nộp hồ sơ khai thuế theo mẫu số 01/GTGT, phụ lục bảng phân bổ thuế giá trị gia tăng phải nộp cho tỉnh nơi được hưởng nguồn thu (trừ hoạt động sản xuất thủy điện, hoạt động kinh doanh xổ số điện toán) theo mẫu số 01-6/GTGT Phụ lục I ban hành kèm theo Thông tư này cho cơ quan thuế quản lý trực tiếp.

Quy định tại Điểm d này thực hiện đến hết ngày 31/12/2026 theo Khoản 2 Điều 100 Thông tư 89/2026/TT-BTC.

đ) Trường hợp phân bổ thuế cho nhà máy thủy điện nằm trên nhiều tỉnh quy định tại điểm a.5 khoản 2 Điều 15 Nghị định số 252/2026/NĐ-CP:

đ.1) Số thuế giá trị gia tăng phải nộp tại từng tỉnh nơi có nhà máy thủy điện bằng (=) số thuế giá trị gia tăng phải nộp của nhà máy thủy điện nhân (x) với tỷ lệ (%) giá trị đầu tư của phần nhà máy thủy điện tại từng tỉnh với tổng giá trị đầu tư của nhà máy thủy điện. Số thuế giá trị gia tăng phải nộp của nhà máy thủy điện bằng (=) số thuế giá trị gia tăng đầu ra của nhà máy thủy điện trừ (–) đi số thuế giá trị gia tăng đầu vào được khấu trừ của nhà máy thủy điện. Trường hợp văn phòng điều hành nhà máy thủy điện nằm trên địa bàn cùng tỉnh nhưng lòng hồ thủy điện nằm trên nhiều tỉnh thì số thuế giá trị gia tăng phải nộp cho các tỉnh nơi được hưởng nguồn thu đối với hoạt động sản xuất thủy điện bằng (=) số thuế giá trị gia tăng phải nộp trên tờ khai thuế nhân (x) với giá trị đầu tư thực tế của phần nhà máy thủy điện tại từng tỉnh trên tổng giá trị đầu tư thực tế của nhà máy thủy điện;

đ.2) Người nộp thuế có nhà máy thủy điện nằm trên nhiều tỉnh và có văn phòng điều hành nhà máy đóng trụ sở cùng hoặc khác tỉnh với nơi người nộp thuế đóng trụ sở chính thì người nộp thuế thực hiện khai thuế giá trị gia tăng phát sinh của nhà máy thủy điện và nộp hồ sơ khai thuế theo mẫu số 01/GTGT, phụ lục bảng phân bổ số thuế giá trị gia tăng phải nộp cho các tỉnh nơi được hưởng nguồn thu đối với hoạt động sản xuất thủy điện theo mẫu số 01-2/GTGT Phụ lục I ban hành kèm theo Thông tư này cho cơ quan thuế nơi có văn phòng điều hành nhà máy thủy điện.

Quy định tại Điểm đ này thực hiện đến hết ngày 31/12/2026 theo Khoản 2 Điều 100 Thông tư 89/2026/TT-BTC.

e) Trường hợp phân bổ thuế đối với hoạt động kinh doanh dịch vụ viễn thông theo quy định tại điểm a.6 khoản 2 Điều 15 Nghị định số 252/2026/NĐ-CP:

e.1) Trường hợp phân bổ thuế đối với hoạt động kinh doanh dịch vụ viễn thông cước trả sau:

Số thuế giá trị gia tăng phải nộp tại tỉnh nơi có chi nhánh hạch toán phụ thuộc được xác định theo tỷ lệ 2% trên doanh thu chưa có thuế giá trị gia tăng của dịch vụ viễn thông cước trả sau tại tỉnh nơi có chi nhánh.

Người nộp thuế có hoạt động kinh doanh dịch vụ viễn thông cước trả sau tại tỉnh khác với nơi người nộp thuế có trụ sở chính và có chi nhánh cùng tham gia kinh doanh dịch vụ viễn thông cước trả sau tại tỉnh đó thì người nộp thuế khai thuế giá trị gia tăng đối với doanh thu dịch vụ viễn thông cước trả sau của toàn cơ sở kinh doanh và nộp hồ sơ khai thuế theo mẫu số 01/GTGT, phụ lục bảng phân bổ thuế giá trị gia tăng phải nộp cho tỉnh nơi được hưởng nguồn thu (trừ hoạt động sản xuất thủy điện, hoạt động kinh doanh xổ số điện toán) theo mẫu số 01-6/GTGT Phụ lục I ban hành kèm theo Thông tư này cho cơ quan thuế quản lý trực tiếp trụ sở chính;

e.2) Phân bổ thuế giá trị gia tăng đầu vào đối với hàng hóa, dịch vụ do cơ sở kinh doanh dịch vụ viễn thông mua để đầu tư dùng chung cho toàn hệ thống hạ tầng của cơ sở kinh doanh

Trường hợp người nộp thuế có hoạt động kinh doanh dịch vụ viễn thông, thực hiện đầu tư mua sắm tập trung tại trụ sở chính hoặc tại đơn vị được phân cấp ủy quyền thì số thuế giá trị gia tăng đầu vào của hàng hóa, dịch vụ (bao gồm: toàn bộ tài sản cố định, vật tư, hàng hóa, chi phí dịch vụ mua ngoài) dùng chung hệ thống hạ tầng viễn thông đầu tư, mua sắm phát sinh tại trụ sở chính hoặc đơn vị phân cấp ủy quyền, nếu có nhu cầu thì thực hiện phân bổ số thuế giá trị gia tăng đầu vào cho trụ sở chính, các chi nhánh tại các tỉnh (bao gồm cả chi nhánh đóng trụ sở địa bàn cùng tỉnh với nơi người nộp thuế có trụ sở chính theo quy định tại điểm c khoản 2 Điều này) để kê khai, khấu trừ thuế giá trị gia tăng tại cơ quan thuế quản lý trực tiếp.

Thuế giá trị gia tăng đầu vào phân bổ cho trụ sở chính, các chi nhánh tại các tỉnh được xác định theo tỷ lệ phần trăm (%) doanh thu phát sinh tại trụ sở chính, các chi nhánh tại các tỉnh trên tổng doanh thu của trụ sở chính và các chi nhánh. Doanh thu làm căn cứ phân bổ thuế giá trị gia tăng đầu vào là doanh thu không bao gồm thuế giá trị gia tăng của kỳ tính thuế giá trị gia tăng trước liền kề kỳ tính thuế giá trị gia tăng thực hiện phân bổ thuế giá trị gia tăng đầu vào.

Trường hợp trong kỳ tính thuế người nộp thuế phát sinh hoạt động phân bổ thuế giá trị gia tăng đầu vào dùng chung cho hoạt động kinh doanh dịch vụ viễn thông thì nộp hồ sơ khai thuế theo mẫu số 01/GTGT và phụ lục phân bổ thuế giá trị gia tăng đầu vào theo mẫu 01-7/GTGT Phụ lục I ban hành kèm theo Thông tư này cho cơ quan thuế quản lý trực tiếp trụ sở chính. Việc phân bổ thuế giá trị gia tăng áp dụng cho năm dương lịch, trường hợp thay đổi phương pháp thì thực hiện từ năm dương lịch tiếp theo.

Quy định tại Điểm e này thực hiện đến hết ngày 31/12/2026 theo Khoản 2 Điều 100 Thông tư 89/2026/TT-BTC.

4. Khấu trừ thuế giá trị gia tăng đối với công trình xây dựng cơ bản bằng nguồn vốn ngân sách nhà nước

Khấu trừ thuế giá trị gia tăng đối với công trình xây dựng cơ bản bằng nguồn vốn ngân sách nhà nước (công trình cùng địa bàn tỉnh hoặc khác địa bàn tỉnh với nơi nhà thầu đóng trụ sở chính).

Kho bạc Nhà nước thực hiện khấu trừ tiền thuế giá trị gia tăng của các nhà thầu là đơn vị trực tiếp thi công công trình xây dựng (sau đây gọi là nhà thầu) khi thực hiện thủ tục thanh toán vốn ngân sách nhà nước chi cho đầu tư công cho chủ đầu tư hoặc cơ quan được giao quản lý vốn nhà nước trong dự án đầu tư theo phương thức đối tác công tư (sau đây gọi là dự án PPP) như sau:

a) Kho bạc Nhà nước nơi chủ đầu tư hoặc cơ quan được giao quản lý vốn nhà nước trong dự án PPP mở tài khoản giao dịch thực hiện khấu trừ tiền thuế giá trị gia tăng của nhà thầu để nộp vào ngân sách nhà nước theo tỷ lệ 1% trên doanh thu chưa có thuế giá trị gia tăng đối với khối lượng hoàn thành của các công trình, hạng mục công trình xây dựng cơ bản theo đề nghị của chủ đầu tư hoặc cơ quan được giao quản lý vốn nhà nước trong dự án PPP tại Giấy rút vốn theo mẫu số 05.a/TT và các giấy tờ khác khi lập chứng từ thanh toán theo quy định tại Nghị định số 254/2025/NĐ-CP của Chính phủ quy định về quản lý, thanh toán, quyết toán dự án sử dụng vốn đầu tư công hoặc Giấy rút vốn theo mẫu số 04 và các giấy tờ khác khi lập chứng từ thanh toán theo quy định tại Nghị định số 312/2025/NĐ-CP của Chính phủ quy định cơ chế quản lý tài chính dự án đầu tư theo phương thức đối tác công tư và cơ chế thanh toán, quyết toán đối với dự án áp dụng loại hợp đồng BT, trừ các trường hợp quy định tại điểm b khoản này.

Công trình, hạng mục công trình xây dựng được xác định theo quy định pháp luật về hệ thống ngành kinh tế quốc dân hoặc quy định của pháp luật về xây dựng.

Doanh thu chưa có thuế giá trị gia tăng được xác định bằng giá trị chưa thuế giá trị gia tăng trên hợp đồng. Trường hợp hợp đồng ký kết theo giá đã có thuế giá trị gia tăng thì doanh thu chưa có thuế giá trị gia tăng được xác định theo công thức sau:

b) Không thực hiện khấu trừ thuế giá trị gia tăng đối với các trường hợp sau:

b.1) Chủ đầu tư làm thủ tục tạm ứng vốn đầu tư xây dựng cơ bản theo quy định;

b.2) Các khoản thanh toán vốn đầu tư xây dựng cơ bản cho các hoạt động quản lý dự án: thanh toán cho các công việc quản lý dự án cho chủ đầu tư trực tiếp thực hiện; các khoản chi của Ban quản lý dự án, chi giải phóng mặt bằng, chi đối với các dự án do dân tự làm;

b.3) Các khoản chi phí đầu tư xây dựng của các công trình, hạng mục công trình xây dựng cơ bản có giá trị công trình xây dựng bao gồm cả thuế giá trị gia tăng dưới 01 tỷ đồng;

b.4) Các trường hợp chủ đầu tư có chứng từ (bản sao chứng từ đã nộp thuế, hoặc thông báo xác nhận việc thực hiện nghĩa vụ thuế của cơ quan thuế) chứng minh đã nộp đầy đủ tiền thuế vào ngân sách nhà nước đối với toàn bộ số thuế giá trị gia tăng phát sinh của nhà thầu và chủ đầu tư hoàn toàn chịu trách nhiệm về tính chính xác cũng như tính hợp pháp hợp lệ của chứng từ nộp cho cơ quan Kho bạc Nhà nước;

b.5) Hoạt động tư vấn, khảo sát, thiết kế, bảo hiểm, kế toán của công trình xây dựng;

b.6) Hoạt động xây dựng trong khu phi thuế quan.

c) Chủ đầu tư hoặc cơ quan được giao quản lý vốn nhà nước trong dự án PPP khi thực hiện thanh toán tại Kho bạc Nhà nước có trách nhiệm lập chứng từ thanh toán theo quy định tại Nghị định số 254/2025/NĐ-CP hoặc Nghị định số 312/2025/NĐ-CP gửi Kho bạc Nhà nước thực hiện khấu trừ thuế giá trị gia tăng. Số thuế giá trị gia tăng do Kho bạc Nhà nước khấu trừ trên chứng từ thanh toán được trừ vào số thuế giá trị gia tăng phải nộp của nhà thầu. Chủ đầu tư hoặc cơ quan được giao quản lý vốn nhà nước trong dự án PPP có trách nhiệm kê khai đầy đủ, chính xác, trung thực thông tin nộp thuế giá trị gia tăng của nhà thầu tại phần nộp thuế trên Giấy rút vốn và các giấy tờ khác có liên quan gửi Kho bạc Nhà nước; cung cấp chứng từ thanh toán cho các nhà thầu đã được Kho bạc Nhà nước khấu trừ thuế;

d) Việc hạch toán thu ngân sách nhà nước đối với số thuế giá trị gia tăng đã được Kho bạc Nhà nước khấu trừ theo nguyên tắc công trình xây dựng cơ bản phát sinh tại tỉnh nào thì số thuế giá trị gia tăng do Kho bạc Nhà nước khấu trừ sẽ được hạch toán vào thu ngân sách của tỉnh đó.

Trường hợp công trình, hạng mục công trình xây dựng nằm trên nhiều tỉnh thì chủ đầu tư có trách nhiệm xác định doanh thu chưa có thuế giá trị gia tăng công trình theo từng tỉnh và có trách nhiệm lập chứng từ thanh toán gửi Kho bạc Nhà nước để khấu trừ thuế giá trị gia tăng và hạch toán thu ngân sách cho từng tỉnh. Trường hợp công trình, hạng mục công trình xây dựng nằm trên nhiều tỉnh mà không xác định được doanh thu của công trình tại từng tỉnh thì sau khi xác định tỷ lệ 1% trên doanh thu theo giá chưa có thuế giá trị gia tăng của công trình, hạng mục công trình xây dựng, căn cứ vào tỷ lệ (%) giá trị đầu tư của công trình tại từng tỉnh trên tổng giá trị đầu tư của công trình, hạng mục công trình xây dựng để xác định số thuế giá trị gia tăng phải nộp cho từng tỉnh. Trường hợp công trình, hạng mục công trình xây dựng trong cùng tỉnh (gồm: công trình, hạng mục công trình xây dựng liên xã/phường/đặc khu (sau đây gọi chung là xã) và công trình, hạng mục công trình xây dựng tại xã khác với nơi nhà thầu đóng trụ sở chính) hoặc công trình, hạng mục công trình xây dựng khác tỉnh với nơi nhà thầu đóng trụ sở chính, Thuế tỉnh phối hợp với Sở Tài chính là đơn vị chủ trì tham mưu trình Ủy ban nhân dân tỉnh quyết định phân bổ hạch toán thu ngân sách nhà nước phù hợp với Nghị quyết về phân cấp nguồn thu do Hội đồng nhân dân tỉnh ban hành;

đ) Khai thuế, nộp thuế giá trị gia tăng của trường hợp khấu trừ thuế giá trị gia tăng đối với công trình xây dựng cơ bản bằng nguồn vốn ngân sách nhà nước thực hiện theo quy định tại khoản 2 và điểm b khoản 3 Điều này, trừ trường hợp công trình, hạng mục công trình xây dựng trong cùng tỉnh với nơi nhà thầu đóng trụ sở chính thì người nộp thuế không phải kê khai tờ khai thuế theo mẫu số 05/GTGT Phụ lục I ban hành kèm theo Thông tư này đối với trường hợp Kho bạc Nhà nước thực hiện khấu trừ thuế giá trị gia tăng của nhà thầu. Số thuế giá trị gia tăng do Kho bạc Nhà nước khấu trừ trên chứng từ thanh toán được trừ vào số thuế giá trị gia tăng phải nộp của nhà thầu. Kho bạc Nhà nước hạch toán thu ngân sách nhà nước đối với khoản thuế giá trị gia tăng đã khấu trừ, tổng hợp đầy đủ thông tin trên chứng từ thu vào Bảng kê chứng từ nộp ngân sách và chuyển cho cơ quan thuế theo quy định.

Quy định tại Khoản 4 này thực hiện đến hết ngày 31/12/2026 theo Khoản 2 Điều 100 Thông tư 89/2026/TT-BTC.

5. Hồ sơ khai thuế

a) Hồ sơ khai thuế giá trị gia tăng đối với phương pháp khấu trừ thuế, hồ sơ khai thuế giá trị gia tăng theo phương pháp tính trực tiếp trên giá trị gia tăng, hồ sơ khai thuế giá trị gia tăng tính theo phương pháp tính trực tiếp theo doanh thu theo quy định tại điểm 4 Phụ lục I ban hành kèm theo Thông tư này;

Phụ lục I

DANH MỤC HỒ SƠ KHAI THUẾ

(Kèm theo Thông tư số 89/2026/TT-BTC ngày 30 tháng 6 năm 2026 của Bộ trưởng Bộ Tài chính)

b) Trường hợp người nộp thuế có nhiều hoạt động kinh doanh thì thực hiện khai chung trên một hồ sơ khai thuế, trừ các trường hợp sau:

b.1) Người nộp thuế có hoạt động khai riêng tại cơ quan thuế nơi phát sinh hoạt động theo quy định tại điểm b và điểm c khoản 2 Điều này thì lập hồ sơ khai thuế giá trị gia tăng riêng;

b.2) Người nộp thuế có nhiều hoạt động kinh doanh trong đó có hoạt động xổ số kiến thiết, xổ số điện toán thì phải lập hồ sơ khai thuế giá trị gia tăng riêng cho hoạt động xổ số kiến thiết, xổ số điện toán;

b.3) Người nộp thuế có nhiều hoạt động kinh doanh trong đó có hoạt động mua bán, chế tác vàng, bạc, đá quý thì phải lập hồ sơ khai thuế giá trị gia tăng riêng cho hoạt động mua bán, chế tác vàng, bạc, đá quý;

b.4) Người nộp thuế có nhiều hoạt động kinh doanh trong đó có hoạt động khai thác dầu khí thì phải lập hồ sơ khai thuế giá trị gia tăng riêng cho hoạt động khai thác dầu khí;

b.5) Người nộp thuế có khoản thu hộ thuộc đối tượng chịu thuế giá trị gia tăng theo quy định của pháp luật thuế giá trị gia tăng do cơ quan nhà nước có thẩm quyền giao thì phải lập hồ sơ khai thuế giá trị gia tăng riêng cho hoạt động thu hộ;

b.6) Tổ chức khấu trừ, nộp thay số thuế đã khấu trừ và tổ chức khai thuế thay, nộp thay thuế theo quy định tại điểm c khoản 1 và các điểm c.1, d và điểm k khoản 2 Điều 22 Nghị định số 252/2026/NĐ-CP thì phải lập hồ sơ khai thuế giá trị gia tăng riêng đối với trường hợp khấu trừ, nộp thay số thuế đã khấu trừ và khai thuế thay, nộp thay thuế;

b.7) Người nộp thuế đang hoạt động có dự án đầu tư thuộc trường hợp hoàn thuế và có nhu cầu hoàn thuế giá trị gia tăng thì phải lập hồ sơ khai thuế giá trị gia tăng riêng cho từng dự án đầu tư; đồng thời phải bù trừ số thuế giá trị gia tăng của hàng hóa, dịch vụ mua vào sử dụng cho từng dự án đầu tư với số thuế giá trị gia tăng phải nộp (nếu có) của hoạt động, kinh doanh đang thực hiện cùng kỳ tính thuế của người nộp thuế, Ban quản lý dự án, chi nhánh, tổ chức kinh tế mới được giao khai thuế giá trị gia tăng của dự án đầu tư. Số thuế giá trị gia tăng của dự án đầu tư được bù trừ tối đa bằng số thuế giá trị gia tăng phải nộp trên tờ khai thuế mẫu số 01/GTGT. Trường hợp dự án đầu tư đang trong giai đoạn đầu tư có phát sinh doanh thu chạy thử, doanh thu hoạt động tài chính, doanh thu thanh lý nguyên vật liệu thì kê khai doanh thu phát sinh này vào tờ khai thuế mẫu số 01/GTGT và phải bù trừ số thuế giá trị gia tăng đầu vào của dự án đầu tư trên tờ khai thuế mẫu số 02/GTGT với số thuế phát sinh trên tờ khai thuế mẫu số 01/GTGT.

c) Khai thuế giá trị gia tăng đối với hoạt động đại lý:

c.1) Đối với hoạt động đại lý theo hình thức bán, mua đúng giá hưởng hoa hồng, bao gồm đại lý bán hàng hóa, cung cấp dịch vụ và đại lý thu mua hàng hóa, người nộp thuế không phải khai thuế giá trị gia tăng đối với hàng hóa, dịch vụ bán đại lý hoặc hàng hóa thu mua đại lý mà khai thuế giá trị gia tăng đối với doanh thu hoa hồng đại lý được hưởng.

c.2) Đối với các hình thức đại lý khác thì người nộp thuế là đại lý phải khai thuế giá trị gia tăng đối với hàng hóa, dịch vụ bán hàng đại lý; hàng hóa thu mua đại lý và thù lao đại lý được hưởng.